27 Mai 2006 - 00:20 -- Waldelb, Biochemieprofessor

Die alpha-Helix

Mein Professor in Bio-Chemie dichtet immer sehr gerne. Das ist immer cool, wenn er dann während der Vorlesung und all dem schrecklichen Namen mit ihren noch schlimmeren Fomeln nach vorne tritt und sagt "An dieser Stelle möchte ich gerne wieder etwas vortragen..." Szenenapplaus bekommen ansonsten nur die Professoren, die Experimental-Vorlesungen halten und etwas in die Luft jagen oder bunt werden lassen.

Als "Merksatz" zum Aufbau einer alpha-Helix hat er dies geschrieben:

Die alpha-Helix


Es haben sich Aminosäuren - geordnet- fest verbunden,
Durch Translation ist festgelegt, welch Nachbarn sich gefunden.

Verknüpft sind CO und das NH und Elektronen tanzen,
Die Atome sind starr und eben fixiert durch die Kräfte der Resonanzen.

Mit N verkoppelt ist das C. Voll Neid blickt O auf NH,
Mit ihm möchte O zusammengehn, wär ihm so gerne so nah.

Da hört das CO wie vier Reste entfernt ein andres NH zu ihm spricht:
"Geh'n wir doch zusammen, den Nachbar lass, es geht mit dem einfach nicht.

Null Komma zwei acht, dieser Nano-Distanz, der geben wir beide uns hin.
Wir bauen uns Brücken und werden dann sehn: es bringt Energiegewinn."

So leicht ist's gesagt und so schwer getan, weil überall Reste stehn.
Die hindern. Man braucht ihr Volumen nur, die Masse nur anzusehn.

Doch alpha-C weiß ganz genau, wie leicht man diesem entgeht:
weil nur hier im Strang die Stelle ist, wo sich das Rückgrat dreht.

Wie groß der Winkel werden kann, zeigt uns Ramachandran:
Er geht bis Psi hin zu CO, N reicht bis Phi heran.

Das ist der Raum, wo R nicht stört, wenn sich Peptide winden,
bis sich das R nach außen kehrt, sich senkrecht einzufinden.

Drei Komma sechs Aminosäuren ergibt die vollen Runden.
Um mehr als ein halbes Nano wird die Helix verlängert gefunden.

Erreicht ist dadurch die Traumdistanz für CO und NH, diese zwei.
Sie wechselwirken durch Wasserstoff, es wird Energie dabei frei.

Von Position Eins das CO auf NH von der Fünf ohne Hinderung schaut,
von wo aus es mit dem größten Plaisir die Wasserstoffbrücken baut.

Nur Prolin ist störrisch und starr sein Ring, Prolin macht stets Schererei:
kann keine Wasserstoffbrücken baun, sein N ist wasserstoff-frei.

Auch haben die Seitenreste noch Macht - im Bündnis, als Koalition.
Pro und Contra zur Helix kommt dabei heraus, je nach Kräftekonstellation.

Gleiche Ladung in enger Nachbarschaft, das stört, das hält keiner aus.
Sich sympathische Reste in Harmonie sind die Helfer des Helixbaus.

~ G. Baumann